今を遡ること五十年前……
日本（ヤーパン）の関東地方に存在する総合科学都市にて、原因不明の爆発事故が発生。
都市部は一気に壊滅し、かつての面影が微塵も残らぬ廃虚と化す。
以後その都市は虚無都市（ニヒツ・シュタット）と呼ばれ、現代に至るまで封鎖されることとなる。
その後、政府直轄の研究施設によって、『エーテルメタル（ＥＭ）』という特殊な微小金属が発見される。
それは、ある特殊な波長の人間の意思に呼応して、結合・変形する特質を有していた。
彼らはＥＭを操り、武器を生成し、肉体を強化し、
果ては『エーテルフィギュア』と呼ばれる大型のマシンまで造り出すことが出来た。
東京（トーキオ）を中心として、次々と適応能力者が発見され、
彼らは『エーテリスト』と呼ばれるようになる。
姫星織兎と流冬刹夜。
彼らもまた、ＥＭを操るエーテリストである。
『ある組織』に追われ、当ての無い逃亡生活を続けている。
やがて彼らは、虚無都市の誕生から始まる陰謀と野望の渦に巻き込まれていくこととなる……
※本作の日本（ヤーパン）は、日本とドイツの文化が混合した
現実とは異なる世界観となっている。ゆえにドイツ語が頻出する。
