ちょっと難しいフリーのマルチメディアエンコーダー　MediaCoderのWikiです。
問題の解決策などを載せていきます。
誰でも編集可能です。常識的に、節度を守ってご利用ください。

MediaCoderの動作はそれぞれのパソコンの環境によるようです。
MediaCoderのダウンロード→http://www.mediacoderhq.com/download.htm

最新バージョン　0.7.2 build4536 (2009.11.13)

MediaCoderは最新版だからいいってものではありません。
　最近の比較的安定版、3996未満はサラウンド音声が×
　0.6.0 3822 (3853) (3877) (3878) (3879) 3880 (3884) (3991)
　0.6.1 4038 4063 4065 4068 4070 4077 4085 (4088) (4092) 4094 4095 4098 4100 (4102) 4116 4140 4150 4166
()内のバージョンは現在ダウンロードできないもの。
4088:http://www11.axfc.net/uploader/20/so/He_88385.zip.html keyword:294
0.6.1 4166以降は安定版の検証が行われていません！

0.6.1 build4116でMOVコンテナの出力に対応しました。・・・が、うまくいきません。
0.6.2 build4210でMOVコンテナでの出力をやってみたところ、正常に出力されました。

0.6.2 build4240からどうやら プレミアム版 が登場した模様・・・
http://www.nihongoka.com/history/mediacoder-0624240-%e6%97%a5%e6%9c%ac%e8%aa%9e%e3%83%a9%e3%83%b3%e3%82%b2%e3%83%bc%e3%82%b8%e3%83%95%e3%82%a1%e3%82%a4%e3%83%ab-%e5%85%ac%e9%96%8b#extended

本家
MediaCoder - more than a universal audio/video transcoder
MediaCoder - more than a universal audio/video transcoder
MediaCoder sourceforge.net
SOURCE FORGE.NET（最新＆過去バージョン、その他追加コーデック・プラグイン置き場）
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=151884
SOURCE FORGE.JP（SOURCE FORGE.NETの日本語ミラー。SOURCE FORGE.NETよりもダウンロードが速い）
http://sourceforge.jp/projects/mediacoder/
日本語化工房-KUP MediaCoder (3840以降日本語対応になりましたが、更に日本語化したい人用)
http://www.nihongoka.com/jpatch_main/mediacoder
(古いバージョンの日本語化ファイルを入れても普通に使えました。あまりお勧めはしませんが)