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Doxygenとは

Doxygen は、C、Java、Python、PHP向けのドキュメンテーションツールです。
ドキュメンテーションされたプログラムソースファイルからAPIリファレンスマニュアルなどを作成することが出来ます。

Graphvizとは

DOT言語で書かれたグラフ表現から画像ファイルを作成するツールです。

DoxygenとGraphvizを組み合わせることで、APIリファレンスにクラス図を付けたり、関数の呼び出しグラフを付けることが可能です。