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「lmeでPKモデル」(2008/04/06 (日) 20:48:44) の最新版変更点

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*lme で IV 1-コンパートメントモデル

-k は正規分布
-V は対数正規分布
-個体内誤差は対数正規分布
-両辺を対数変換すると線形モデルになる

 require(nlme)
 
 set.seed(2801)
 
 n <- 50
 m <- 5
 
 k <- 0.1 + rnorm(n, mean=0, sd=0.1*0.2)
 k[k<=0] # check
 v <- 1 * exp(rnorm(n, mean=0, sd=0.2))
 
 ds <- data.frame(
   ID=rep(seq(n), each=m),
   TIME=runif(n*m, min=5/60, max=24),
   k=rep(k, each=m),
   v=rep(v, each=m)
 )
 
 iv1 <- function(TIME, k, v, Dose=1) {
   Dose / v * exp(-k * TIME)
 }
 
 ds$PRED <- with(ds, iv1(TIME, k, v))
 ds$DV <- ds$PRED * exp(rnorm(n*m, sd=0.1))
 
 ds.g <- groupedData(DV ~ TIME | ID, ds, order.groups=F)
 
 (fm1 <- lm(log(DV) ~ TIME, ds))
 
 (fm2 <- lme(log(DV) ~ TIME, ds.g, random=pdDiag(form=~1)))
 
 (fm3 <- lme(log(DV) ~ TIME, ds.g,
   random=pdDiag(form=~1+TIME)
 ))

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*参照
[[R]]