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新デフォルトの簡単なHTML構造を載せておきます。カスタマイズの参考にどうぞ。

body
├#top
(空)
└#wrapper
(全体囲み)
 ├#head_editmenu(ログイン)
 └#wrapper2(全体囲み)
  ├#header,#header2(タイトル)
  │└h1.sitename(サイト名)
   └span.pagename(ページ名)
  ├#content(メイン及びメニューの全体囲み)
  │├#main(メイン囲み)
  ││├.pageinfo(ページ編集)
  ││├#mainbody,#mainbody2(本文囲み)
  ││├.pageinfo(トラックバック, リンク元)
  ││├#ad(広告)
  ││├#attach(添付ファイル一覧)
  ││└footname(注釈)
  │└#menu(メニュー囲み)
   └#menubody, #menubody2(上記と同じ)
  ├#foot_editmenu(下部編集メニュー)
  └#footerRSS@wikiリンク)

※ #header, #header2
のようなほぼ同一のdivはまとめてあります。

・ツリー解析だけならば、unicodeが使用できる「ez-html」がお勧めです。
http://www.w-frontier.com/software/ezhtml.html
@Wikiのソースを使用する際は、以下の設定をしてからご利用ください。

【設定部分】
ツールバーから[表示]⇒[詳細設定]で、「ファイルシステム」の「標準設定」選択
「その他のシステム設定」で「UTF-8Nの可能性を考慮」にチェックを入れる

この意味について詳しく知りたい方は下記リンク先ページをご参照ください。
http://homepage2.nifty.com/hobbit/html/utf8.html#bom