レムリアの研究施設にて、一行は ソロモン・ブルーウォーターに遭遇。
彼の口から、プレートを最深層まで沈める大沈没（グレートフォール）について聞かされる。
生身、およびＦＦでの激戦の末、ソロモンには逃げられてしまう。
しかし、彼の行き先がＭＵだと判明し、一行はＭＵ深理教国へと向かう。
アドリア達の本来の目的は、
ベーリングの配下がＮＥＭＯの情報を集めるまでの陽動だった。
その結果、ＭＵの大深官 ラプテフが、ＮＥＭＯの一員であり、
ソロモンの支援者であると判明する。
あえてＭＵに捕まることで、ラプテフの清域（サンクチュアリ）に潜入し、
ＮＥＭＯの秘密基地を発見する。
追い詰められたラプテフは、ソロモンにそそのかされ、
聖なる山に封じられた深界龍エザサウルスを解放する。
エザサウルスの力は凄まじく、ロッソ団にティモール大深官率いる
ＭＵの軍勢が加わってもその暴威を止められない。
そんな中、何とソロモン率いるアクアリウム軍がアドリアらに加勢。
到底信用できないが、この難敵を退けるには共同戦線を張るしかない。
一時、兄妹で共闘するソロモンとマリアナ。
それでもエザサウルスの進撃は止められない。ソロモンの助言を受け、マリアナと汐は合体技・オオワダツミノツルギを編み出し、エザサウルスを一刀両断にする。
しかし、それこそがソロモンの狙い。
彼は、自分の妹ならば、深界龍を倒せると信じていたのだ。
この一瞬に狙いを絞り、エザサウルスの体内から
そのアクアパール深界珠を手に入れ、その場を逃げ去る。
ソロモンの最終目標は、三角地帯の中枢、旧都ティマイオスにて、
極大のメイルシュトロームを起こし、プレートを沈めること。
これまで、水面下で各国に働き掛けていたハンス・ベーリングの呼び掛けに応じ、
ティマイオスにアトランティス、ＭＵ、レムリアの三軍が集う。
大沈没の危機を前に、ついに敵対していた三大国家は足並みを揃える。
今や世界全てを敵に回したソロモンだが、エザサウルスの深界珠を手にした彼は、
三角地帯に巣食う全ての深界魚を支配する力を手にしていた。
やがて始まる魚群のぶつかり合い。死闘に次ぐ死闘。数多の命が深層の藻屑となっていく。その中を、ソロモンの乗るノーチラスⅡ世は、着実に大海溝へと近付いていく。
その行く手を阻むのは、エザサウルスの殻で大幅に強化したクリムゾン・ロブスター号とロッソ団の猛者達。
マリアナは、兄と決着をつけるべく、タツノオトヒメで深層の空を飛ぶ。
戦いが激化する中、大海溝から深界龍 エラスモヒュドラが、無数の深界魚を引き連れて出現。
人類軍、ネモの双方に攻撃を仕掛け、戦場は三つ巴の混沌と化す。
エラスモヒュドラの目的は、人類の深層への進出を阻むこと。
かつて、この地でメイルシュトロームが起こった時、
エラスモヒュドラが姿を見せ、ティマイオスを壊滅させたのは、
不老不死の夢に憑かれたアトランティスの皇族が、
最深層、はじまりの海への道を切り開こうとしたためだった。
かつて、メイルシュトロームが起こった旧都に居合わせ、
強い憎悪と悔恨を抱く ディミトリオス・エーゲは単身エラスモヒュドラに挑む。
ロッソ団とエラスモヒュドラに操られた深界魚群の攻撃を受け、ついに沈むノーチラスⅡ世。
しかし、ソロモンは深界珠の力を最大で発動させ、
周囲の深界魚を取り込み、人の手で生み出されし、
深界龍と並ぶ存在、 人造神界魚メガラニカとなる。
ロッソ団や三国連合をあっさりと蹴散らし、
向かって来る深界魚を吸収しながら進むメガラニカ。
巨大な鮫の形態、メガマウスとなり、エラスモヒュドラの腹に風穴を開ける。
障害を全て突破して、大海溝に到達するソロモン。
第三のメイルシュトロームを起こし、ついに大沈没が始まってしまう。
ソロモンはプレートの沈下をさらに加速させようと、
何より、自らが一刻も早く深層に達しようと、さらに深層へと潜ろうとする。
それに立ち向かうエーゲ。
人間の限界を越えた力で、メガラニカと渡り合うエーゲだが、
深界魚の吸収でほぼ無限の再生能力を誇るメガラニカには、今一歩及ばない。
一方マリアナは、倒れ伏したエラスモヒュドラと、自機のタツノオトヒメとの間に、奇妙な共鳴を感じていた。
タツノオトヒメを通じて、脳内へと流れ込むビジョン。
エラスモヒュドラは八つの首を持つ深界龍だが、本来は九つの首の龍だった。
その首は、かつて対馬一族の祖に当たる人物に斬り落とされ、その牙は深龍刀に、その身はタツノオトヒメへと加工されていた。
メガラニカが深界魚を吸収したように、エラスモヒュドラもタツノオトヒメを取り込めば、九つの首を持つ完全な龍として復活する。
そして、マリアナも共に一体化することが出来れば、エラスモヒュドラの力を制御できるかもしれない。
可能性の低い賭けだ。もし成功したとしても、それは彼女が人間としての生を失うことを意味していた。
迷っている時間は少ない。メガラニカが海溝に飛び込めば、もはや彼を止める術はない。
そこでふと気付く。こんな自分に、迷うような未練があったのだと。
ただ生きることにのみ必死で、辺り構わず敵意と憎悪を向けてきた、三角地帯での日々。
そんな中で巡り会い、共に死線を越えて来た仲間達。瑞姫やロッソ団の面々との居場所が、自分にとって大切なものであること。それを初めて自覚したのだ。
かつて故郷の家族や友達を全て失った自分が、また新しい家族を得た。それを、再び奪わせるわけにはいかない。
こうして、仲間たちに短い別れを告げ、マリアナはタツノオトヒメと共にエラスモヒュドラへと飛び込む。
九つの頭を持つ龍となったエラスモヒュドラは、エーゲを倒したメガラニカへと襲い掛かる。その内には、確かにマリアナの意志が宿っていた。
互いに削りあい、喰らいあいながら、二頭の大海獣は深層へ落ちて行く。
二頭は深層に満ちたプランクトンを吸収し、無限に進化し、果てのない戦いを繰り広げる。
そして二頭はついに世界の最深層、全ての冒険者の夢である、はじまりの海へと到達する。
それは、世界の中心。
遥か彼方には、ティア・テティスと同じ、無数の大陸が浮かんでいた。
はじまりの海は、ゴールではない。その名の通り、無限の世界へと繋がる起点なのだ。恍惚となるソロモン。
だが、それが両者の勝敗を分けた。ＦＦライダーの鉄則、戦いの最中に一瞬たりとて気を緩めてはならない。それを怠った者には死あるのみ。
マリアナは、ソロモンへの殺意の糸を、一瞬も途切らすことはなかった。
エラスモヒュドラは、九つの首を全てタツノオトヒメに変え、メガラニカの体内へ侵入。汐から託された深龍刀を突き立て、深界珠を砕き、ソロモンに引導を渡す。
生身で最深層の海へと放り出されるソロモン。
彼は既に人間の域を超え、不死に近い肉体を手に入れていた。
しかし無数の深界龍の泳ぐこの場所で、人間一人の力はあまりに無力。
一秒先には消え去るかもしれない。それでも、彼は夢を諦めることが無かった。
マリアナは、自分の意識が潰える前に、プレートの沈下を阻止しようと急速浮上する。
深界魚を操り、ギリギリのところで沈下を止めようとするが……
ティマイオスでの決戦、サード・シュトロームが終結して一年……
急激な沈没は免れたものの、プレートは徐々に深層に向かって降下して行くことが判明。
人類は、いずれ深層への適応を目指し、研究を重ねざるを得なくなっていた。
皮肉にも、ソロモンの起こした反乱が世界の混乱を鎮めることに一役買うことになった。
アドリアは、ベーリングとの契約通り、アトランティス帝国の要職に就き、
自らの夢である弱者救済のための法制度を作ろうとする。その傍らにはティレニアがいた。
瑞姫はアドリアの後を継いでクリムゾン・ロブスター号の船長となり、
汐や甲左衛門らと共に国際救助隊として世界各地を飛び回っていた。
汐は、マリアナと別れ際に交わした約束を護るため、瑞姫を守りながら剣の修行を積んでいた。
かつてエラスモヒュドラの首を斬り落とした
古の対馬一族のように強くなって、またいつか、＜彼女＞と戦うために。
それが唯一、人の及ばぬ龍となった彼女と触れ合う道だから。
そして、彼らが暮らすプレートの下では……
九つの頭を持つエラスモヒュドラが、
無数の深界魚と共に深層を周回していた。
再び深層を目指そうとする人類を阻むために。
しかし、九頭の龍の意識は、自らのいる更に下の方に強く向けられていた。
まるで……更なる深奥からやって来る＜何か＞を、待ち構えているかのように……
ＥＮＤ……？
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