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かつて数々の戦いがあった。

文明が発達した人類は、その生活圏を月や火星にまで移住されるところまでに成功させていた。
だが、南アタリア島に墜落した超巨大戦艦「マクロス」は、それまでの常識を越えたオーパーツと同時に地球外生命体の存在を知らせる物だった。
同時に、人類初の外宇宙の探索で地球を離れていたルクシオン艦隊は、宇宙怪獣と遭遇したとの警告を発した。

「今こそ世界を一つに!」

その声と共に、それまでの国家の垣根を解き放ち、地球統合政府を樹立。
いずれくるであろう地球外生命体や宇宙怪獣に地球人類総出で対処していった。
その過程で「グッドサンダー部隊」、「トップ部隊」等が設立。

そんな中、人類の存亡をかけた戦いが始まる。

宇宙怪獣に対抗するため建造されたエクセリヲン。そして人類によって改修されたSDF-1マクロスの進宙式当日、巨人族、ゼントラ―ディの艦隊が出現。
また、その混乱に乗じてグッドサンダー部隊が持つ、謎のエネルギー、「ビムラー」を地球統合政府の影で掌握せんとする悪の秘密結社ドクーガが動き始める。
さらに異空間からはムゲ帝国が侵略を開始した。だが、これに対抗したのが密かに結成されていた「獣戦機隊」である。

宇宙では、ゼントラ―ディと宇宙怪獣。地球ではムゲ帝国とドクーガという戦いが繰り広げられていた。
しかし、それらの戦い全ては地球文明が荒廃するという代償を支払うという結末で閉じ、人々は一時の平和を取り戻した。

先の戦争でゼントラ―ディと共存した統合政府を中心とした地球人類は「人類移住計画」を発動。
新たな新天地を目指して新マクロス級超長距離移民船団で母なる地球を離れた。

だが、先の戦争で衰退しきった統合政府をついて大きな反乱が勃発。一部の連合政府だけが残り、再び国家が分裂した。
数年後、「ユニオン」、「AEU」、「人類革新連盟」という3つの超大国が出来上がり、互いに第二の統合政府になろうとゼロサムゲームを繰り広げていた頃、木星方面より「木星トカゲ」が出現し始める。

木星トカゲが、火星、月と次々に侵攻していく中でも、地球圏での人類の争いは終わることはなかった。
時は進み、戦争根絶を掲げるため全ての紛争に対して武力介入を宣告した私設武装組織・「ソレスタルビーイング」の出現。
さらに、火星を木星トカゲの支配下に置かれた火星住民を救出すべく、民間企業ネルガル重工は、「機動戦艦ナデシコ」を発進させた。
そして遥か銀河では、「マクロス7船団」がプロトデビルンと呼ばれる存在と遭遇していた。

マクロス7船団は、ロックバンド・「FIRE BOMBER」の活躍により、人類はプロトデビルンと和解に成功。プロトデビルンは、遥か銀河へと旅立っていくとう結末になった。
しかし、ソレスタルビーイングの出現によって皮肉にも三国家がただ一つの私設武装組織を倒すためだけに一つとなり、ソレスタルビーイングは宇宙で散っていった。
木星トカゲの正体が同じ人類である「木星連合」という真実を知ったナデシコクルーは、全ての原因になった「ボソンジャン」を処理する「演算ユニット」を回収。
ナデシコごと宇宙へと放逐したことで木星連合と和平することができた。

再び時は流れ、地球圏は再び「地球連邦」という名の元に一つの中に収まっていた。その中で大きく実権を持つのが「地球連邦平和維持軍」独立治安維持部隊「アロウズ」であるが、旧統合政府を支持していたミスマル・コウイチロウ率いる「連合派」は、連邦所属にあって、平和維持軍ほどの権力は持てなかった。

そして、今。

荒廃していた地球は次第にかつての21世紀のような状況までに復興し始めていくなか、世界征服を企むDrヘルや秘密結社BF団。
謎のA級ジャンパーの大量事故死。
人々に安息の日は訪れることはないだろう。

永久の平和をもたらす神など、いないのだから……。